|
|
Vysoce propustný systém pro analýzu organoidů v biomedicínských aplikacích
Roček, Vojtěch ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Janoušek, Oto (vedoucí práce)
V posledních letech se dostává do popředí zájmu využití tzv. 3D kultur a organoidů jako modelových systémů pro translační a preklinický výzkum, zejména pro potřeby testování nových druhů léčiv. Standartní přístupy studia zahrnují jak invazivní přístupy biochemické či molekulárně biologické analýzy, tak i neinvazivní metody optické. Mezi základní optické metody, užívané ke studiu organoidů patří zejména různé mikroskopické techniky, které poskytují detailní informace o struktuře, ale jsou náročné časově i na experimentální vybavení. Pro rozsáhlejší studie by byl výhodný systém automatické analýzy, umožňující testování velkého počtu vzorků. Tato práce je zaměřena na vývoj zařízení pro vysoce propustnou automatickou analýzu organoidních struktur na bázi mikrotitračních destiček pro biomedicínské aplikace. Je provedena literární rešerše neinvazivních optických metod, vhodných pro analýzu 3D buněčných kultur a organoidů. Jsou diskutovány nutné úpravy existující platformy na fenotypizaci řas. Dále pak je navržen experiment za účelem otestování funkčnosti takto upraveného systému. Praktické využití v klinické praxi je otestováno navrženým experimentem reakce sferoidů na vybraná cytostatika. V diskuzi jsou rozebrány dosažené výsledky a poznatky celé práce jsou shrnuty v závěru.
|
|
|
Vizualizace značených buněk modelového organismu
Kubíček, Radek ; Kršek, Přemysl (oponent) ; Herout, Adam (vedoucí práce)
Tato diplomová práce, zabývající se zobrazením volumetrických (objemových) dat, má za úkol zobrazit a zvýraznit značené buňky modelových organismů v datech sejmutých konfokálním mikroskopem. Vstupní data tvoří jednolitý volumetrický celek složený z jednotlivých řezů, který je nutno vhodnou metodou zobrazit a poté identifikovat a zvýraznit buňky označené metodou GFP (Green Fluorescent Protein) nebo fluoreskováním chlorofylu. Hlavním cílem této práce je nalézt pokud možno optimální efektivní metodu umožňující toto zvýraznění, pracující ideálně bez manuálního zásahu uživatele. Vzhledem ke struktuře dat je však tento cíl jen těžko splnitelný, proto postačí nalezení metody operující v manuálním režimu. Nakonec je třeba dosažené výsledky práce zaintegrovat do nástroje FluorCam pro zobrazování dat z dekonvolučního konfokálního mikroskopu.
|
|
|
Vysoce propustný systém pro analýzu organoidů v biomedicínských aplikacích
Roček, Vojtěch ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Janoušek, Oto (vedoucí práce)
V posledních letech se dostává do popředí zájmu využití tzv. 3D kultur a organoidů jako modelových systémů pro translační a preklinický výzkum, zejména pro potřeby testování nových druhů léčiv. Standartní přístupy studia zahrnují jak invazivní přístupy biochemické či molekulárně biologické analýzy, tak i neinvazivní metody optické. Mezi základní optické metody, užívané ke studiu organoidů patří zejména různé mikroskopické techniky, které poskytují detailní informace o struktuře, ale jsou náročné časově i na experimentální vybavení. Pro rozsáhlejší studie by byl výhodný systém automatické analýzy, umožňující testování velkého počtu vzorků. Tato práce je zaměřena na vývoj zařízení pro vysoce propustnou automatickou analýzu organoidních struktur na bázi mikrotitračních destiček pro biomedicínské aplikace. Je provedena literární rešerše neinvazivních optických metod, vhodných pro analýzu 3D buněčných kultur a organoidů. Jsou diskutovány nutné úpravy existující platformy na fenotypizaci řas. Dále pak je navržen experiment za účelem otestování funkčnosti takto upraveného systému. Praktické využití v klinické praxi je otestováno navrženým experimentem reakce sferoidů na vybraná cytostatika. V diskuzi jsou rozebrány dosažené výsledky a poznatky celé práce jsou shrnuty v závěru.
|
|
|
Vizualizace značených buněk modelového organismu
Kubíček, Radek ; Kršek, Přemysl (oponent) ; Herout, Adam (vedoucí práce)
Tato diplomová práce, zabývající se zobrazením volumetrických (objemových) dat, má za úkol zobrazit a zvýraznit značené buňky modelových organismů v datech sejmutých konfokálním mikroskopem. Vstupní data tvoří jednolitý volumetrický celek složený z jednotlivých řezů, který je nutno vhodnou metodou zobrazit a poté identifikovat a zvýraznit buňky označené metodou GFP (Green Fluorescent Protein) nebo fluoreskováním chlorofylu. Hlavním cílem této práce je nalézt pokud možno optimální efektivní metodu umožňující toto zvýraznění, pracující ideálně bez manuálního zásahu uživatele. Vzhledem ke struktuře dat je však tento cíl jen těžko splnitelný, proto postačí nalezení metody operující v manuálním režimu. Nakonec je třeba dosažené výsledky práce zaintegrovat do nástroje FluorCam pro zobrazování dat z dekonvolučního konfokálního mikroskopu.
|
host ::
RSS.